Der 1969 in Los Angeles geborene Stockhammer studierte Komposition bei Ian Krouse und Stephen Hartke sowie Dirigieren bei Daniel Lewis. Noch während seines Studiums hatte er die Möglichkeit, für eine Reihe von Konzerten mit dem Los Angeles Philharmonic einzuspringen und wurde anschließend von Chefdirigent Esa-Pekka Salonen betreut. Später zog er nach Deutschland, wo er noch immer lebt.
Zu den aktuellen Höhepunkten in Jonathan Stockhammers Terminkalender zählen Mahlers Symphonie Nr. 2 mit dem Seoul Philharmonic zur Eröffnung des PyeongChang Festivals 2025, sein Debüt mit dem London Symphony Orchestra mit Werken von Debussy, Ravel und Adams sowie die Neuproduktion von Philip Glass᾽ Akhnaten (Regie: Barrie Kosky) an der Komischen Oper Berlin. Bei seinem Debüt mit dem Yomiuri Nippon Symphony Orchestra dirigierte er Mahler, Mendelssohn und Haas in Tokyos Opera City. Überdies leitete er Mahlers Symphonie Nr. 6 im Wiener Musikverein, Mahlers Das Lied von der Erde beim Ljubljana Festival, Lutosławskis Konzert für Orchester mit den Bremer Philharmonikern, Tschaikowskys Eugen Onegin mit der Staatskapelle Berlin und ein Mini-Festival mit Violinkonzerten von Berg, Strawinsky, Bartók, Prokofjew, Schönberg und Hartmann mit Patricia Kopatchinskaja und den Dresdner Philharmonikern. Seine Musikalische Leitung von Kirill Serebrennikovs Neuinszenierung von Alfred Schnittkes Das Leben mit dem Idioten am Opernhaus Zürich erntete überschwängliches Lob: „Der Dirigent Jonathan Stockhammer führt durch die Untiefen des Stücks, wie einer, dem man ohne weiteres jeden Musikstil abkauft.“ (SRF2 Kultur).
In der Saison 2025|26 wird Stockhammer zum ersten Mal bei den Bayreuther Festspielen gastieren, wo er in Kooperation mit der Oper Dortmund, die Musikalische Leitung von Bernhard Langs Uraufführung Brünnhilde brennt übernimmt. Ferner dirigiert er Tschaikowskys Symphonie Nr. 3 mit der Deutschen Radio Philharmonie Saarbrücken Kaiserslautern, eine Tournee mit dem Bundesjungendorchester und dem Bundesjazzorchester und Sibelius᾽ Symphonie Nr. 2 mit den Bremer Philharmonikern. Zudem kehrt er zur Staatskapelle Dresden und zum Norwegian Radio Orchestra zurück und arbeitet darüber hinaus mit den Symphonikern Hamburg, dem Bilkent Symphony Orchestra, dem Ensemble Modern und den Dresden Sinfonikern.
(Stand: 11/2025)